Ένα νέο ζήτημα που αφορά στην χρήση αμμωνίας για την πρόωση πλοίων ως προς την «διάθεση» αποβλήτων που παράγονται έχει αναδυθεί και προστεθεί στα θέματα που αφορούν στα «πράσινα καύσιμα» και τα προβλήματα που αυτά παρουσιάζουν. Σύμφωνα με τα στοιχεία στη συνεδρίαση της υποεπιτροπής του ΙΜΟ για την Πρόληψη και την Αντιμετώπιση της Ρύπανσης (PPR) την περασμένη εβδομάδα, οι εκπρόσωποι των κρατών μελών έθεσαν το ερώτημα πώς θα πρέπει να αντιμετωπιστεί το θέμα της διάθεση των αποβλήτων αμμωνίας που παράγουν οι κινητήρες που χρησιμοποιούν το εν λόγω καύσιμο καθώς το συμπύκνωμα που παράγεται δημιουργώντας λύματα αμμωνίας αποτελεί μια νέα πρόκληση για τη ναυτιλία και τις ρυθμιστικές αρχές της που θα πρέπει να αντιμετωπίσουν τα επόμενα χρόνια και μια νέα πηγή συζήτησης. Τεχνικά η άνυδρη αμμωνία είναι ένα χρήσιμο καύσιμο, αλλά είναι επικίνδυνο για την ανθρώπινη υγεία. Για να μετριαστεί ο κίνδυνος, οι γραμμές καυσίμου πρέπει να καθαρίζονται από συμπυκνωμένη αμμωνία πριν από τη συντήρηση των κινητήρων. Ο τυπικός τρόπος αντιμετώπισης της καθαρισμένης αμμωνίας από αυτή τη διαδικασία είναι η διάλυσή της σε νερό, καθώς η αέρια αμμωνία θα σχηματίσει εύκολα ένα διάλυμα που παγιδεύεται στο νερό. Ωστόσο αυτό το διάλυμα αμμωνίας βιομηχανικής ισχύος που προκύπτει πρέπει να απορριφθεί τελικά, γεγονός που έχει προκαλέσει πολλά ερωτήματα για το που και πως. Όπως και με άλλες ροές αποβλήτων, υπάρχουν δύο διαθέσιμες ρυθμιστικές επιλογές. Την υιοθέτηση ενός αποδεκτού προτύπου για την απόρριψη στη θάλασσα ή τη διατήρηση της ουσίας επί του σκάφους και την εκφόρτωσή της στο λιμάνι. Η ναυτιλιακή βιομηχανία φαίνεται να προτιμά γενικά μια διαχειριζόμενη απόρριψη, καθώς είναι η λιγότερο δαπανηρή επιλογή, με ορισμένα κράτη μέλη να θέτουν τη δυνατότητα υπό όρους απόρριψης για τα λύματα αμμωνίας κατά τη διάρκεια της συνεδρίασης PPR. Πολλές από τις περιβαλλοντικές ΜΚΟ της ναυτιλίας αντιτίθενται σε αυτήν την ιδέα, ακόμη και αν οι συγκεντρώσεις αμμωνίας αραιώνονται κάτω από το οξύ τοξικό επίπεδο κατά τη στιγμή της απόρριψης.